En 1991-92 el Barcelona ganó el trofeo al imponerse al Sampdoria por un gol a cero en el Estadio de Wembley.
El cambio más significativo en la evolución de la competición tuvo lugar en la campaña 1992/93, cuando la UEFA Champions League sustituyó las fases eliminatorias por una fase de grupos. La fase de grupos dio lugar a un crecimiento del torneo.
Ese año el Olympique de Marsella se proclamó campeón frente al Milán por mínima diferencia.
Al año siguiente no se le permitió disputar el torneo al Olympique de Marsella por culpa de irregularidades extra-deportivas de su presidente Bernard Tapie.
Hubo otro cambio de formato en la temporada 1993-94, después de la fase de grupos, las semifinales se jugarían con solo un juego; ese año el Milán le ganó a Barcelona 4-0.
Al año siguiente 1994-95, el Milán jugó su tercera final consecutiva, pero no pudo superar al Ajax de Amsterdam en la final. A sólo cinco minutos para el final Patrick Kluivert anotó el gol que les daría el triunfo al equipo holandés.
Otro nuevo cambio de formato llego en la temporada 1995-96: una ronda preliminar, una fase con 4 grupos playoffs. El Ajax de Amsterdam llegó otra vez a la final, pero cayó derrotado ante la Juventus en tanda de penaltis (4-2).
En 1996-97 entró en vigor la Ley Bosman que permite a los jugadores comunitarios jugar sin ocupar plaza de extranjeros.
Ese año se adjudicó el torneo el equipo alemán Borussia Dortmund, frente a la Juventus , quien estaba en su segunda final consecutiva.
En la temporada 1997-98 se aprobó el nuevo formato de competición, lo que aumenta el número de equipos participantes a 24 equipos, que se organizaron en 6 grupos.
Ese año se proclamó campeón el Real Madrid, después de 32 años sin ganar el torneo, y conquistando su sétima Copa de Europa, siendo el primer club en alcanzar dicha cifra. El equipo le ganó a Juventus, que llegaba a su tercera final consecutiva.
El Milenio terminó con una gran actuación del Manchester United, el cuadro rojo estaba perdiendo contra el Bayern Munich cuando Sheringham y Solskjaer en tiempo regular lográn dar la vuelta al partido. El equipo se convirtió en el primer club inglés en ganar el torneo, después de la Tragedia de Heysel. Ese año el Manchester United conquisto el triplete, ganando la FA Cup, la Champions League 1998-99 y la Premier League.
